শিবচরের উল্লেখযোগ্য নদীর মধ্যে রয়েছে পদ্মা, আড়িয়াল খাঁ, ।শিবচর উপজেলাটি পদ্মা ও আড়িয়াল খা নদীর মাধ্যমে দ্বিখন্ডিত হয়েছে। । বাংলাদেশের সবচেয়ে বড় নদী পদ্মা, তারই অবস্থান এই শিবচরে। এটি শরিয়তপুর, সদরপুর হয়ে বয়ে গেছে। এক সময় এ নদী দুটি ছিল শিবচর উপজেলায় যোগাযোগের প্রধান মাধ্যম। বর্তমানেও পদ্মা নদীর শিবচরের তীর অবস্থিত কাওড়াকান্দি ঘাট দিয়ে ফেরিযোগে বাস ট্রাক সহ অসংখ্যা মানুষ পাড়াপাড় হয়। এই নদীর পানি দিয়ে চাষাবাদ করা হয় । অধিকন্তু এই নদীতে অনেক মাছ পাওয়া যায়।
2)বিল পদ্মা নদীঃ এটি শিবচরের মধ্য দিয়ে শরীয়তপুর জেলায় গিয়েছে।
৩)ময়নাকাটা নদীঃ এটি উপজেলা শহরের পাশ দিয়ে বয়ে গেছে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস